ต้นทุน คือ ทรัพยากรปัจจัยนำเข้าหรือค่าใช้จ่ายที่ต้องใช้ในการดำเนินงานจัดบริการหรือประกอบกิจการซึ่งอาจเป็นค่าแรง ค่าวัสดุ หรือค่าลงทุน ต้นทุนอาจเกิดขึ้นภายในหน่วยงานที่ดำเนินงานนั้นโดยตรง หรือส่งผ่านมาจากหน่วยงานอื่นโดยทางอ้อม เนื่องจากหน่วยบริการนั้นต้องไปใช้บริการจากหน่วยงานอื่น ต้นทุนบางอย่างเป็นต้นทุนคงที่ บางอย่างเป็นต้นทุนผันแปร

แนวคิดเกี่ยวกับการคำนวณต้นทุนของสถานพยาบาล
ต้นทุน คือ มูลค่าของทรัพยากรปัจจัยการผลิตหรือค่าใช้จ่ายที่ต้องใช้ในการดำเนินงานจัดบริการหรือประกอบกิจการ ในมุมมองทางเศรษฐศาสตร์ ต้นทุนเกิดจากการที่ทรัพยากรหนึ่งๆ เมื่อถูกใช้ไปกับกิจกรรมหนึ่งแล้ว จะไม่สามารถนำทรัพยากรนั้นมาใช้กับกิจกรรมอื่นได้อีก ทำให้ต้องสูญเสียมูลค่าของการผลิตกิจกรรมที่เป็นทางเลือกอื่นไป เรียกว่า “ค่าเสียโอกาส” (Opportunity cost)

1. ประเภทของต้นทุนตามแหล่งกำเนิด
1. ต้นทุนค่าลงทุน ได้แก่ ต้นทุนที่เกิดขึ้นอันเนื่องมาจากการเสื่อมราคาตามอายุของการใช้งานอาคาร สิ่งก่อสร้าง ครุภัณฑ์ต่างๆ
2. ต้นทุนค่าแรง ได้แก่ ต้นทุนดำเนินการ ค่าตอบแทน ค่าจ้างล่วงเวลา เบี้ยเลี้ยง
3. ต้นทุนค่าวัสดุ ได้แก่ ต้นทุนจากมูลค่าของวัสดุสิ้นเปลืองต่างๆ ที่ใช้ไป
2. ประเภทของต้นทุนตามความสัมพันธ์กับผลิตภัณฑ์ การแยกประเภทของต้นทุนที่มีความสำคัญอีกทางหนึ่ง คือ การวิเคราะห์แยกประเภทต้นทุนให้สัมพันธ์กันกับผลิตภัณฑ์ โดยแบ่งเป็น
1. ต้นทุนทางตรง เป็นต้นทุนค่าแรง ค่าวัสดุ และค่าลงทุนภายในหน่วยงานที่ดำเนินงานผลิตบริการหรือผลิตภัณฑ์นั้นเอง
2. ต้นทุนทางอ้อม เป็นต้นทุนค่าแรง ค่าวัสดุ และค่าลงทุนที่ส่งผ่านมาจากหน่วยงานอื่นไปสู่หน่วยบริการ

ประเภทของต้นทุนตามพฤติกรรมของต้นทุน
ต้นทุนยังสามารถแยกประเภทได้ตามพฤติกรรมของต้นทุน ได้เป็น

1. ต้นทุนคงที่ (Fixed cost) หมายถึง ต้นทุนของการผลิตของหน่วยงานที่โดยทั่วไปไม่เปลี่ยนแปลงไปตามบริเวณของการผลิต ต้นทุนประเภทนี้มักเป็นค่าใช้จ่ายประจำของหน่วยงาน เช่น เงินเดือนพนักงาน ค่าเช่าอุปกรณ์ สถานที่ประกอบการ
2. ต้นทุนผันแปร (Variable cost) หมายถึง ต้นทุนของการผลิตของหน่วยงานที่ผันแปรไปตามปริมาณของการผลิต เนื่องจาก เมื่อมีการผลิตสินค้าหรือบริการจำนวนมากขึ้น จะต้องมีการใช้ทรัพยากรในจำนวนที่เพิ่มขึ้นตาม

การกำหนดหน่วยงานต้นทุนและกลุ่มของหน่วยงานต้นทุนของสถานพยาบาล
หน่วยงานต้นทุนแบ่งเป็น 4 กลุ่ม ได้แก่

1. หน่วยงานต้นทุนที่ไม่ก่อให้เกิดรายได้
2. หน่วยงานต้นทุนที่ก่อให้เกิดรายได้
3. หน่วยงานให้บริการผู้ป่วย
4. หน่วยบริการอื่นๆ

การเก็บข้อมูลต้นทุนทางตรงของหน่วยงานต้นทุนแต่ละหน่วย
ต้นทุนทางตรงทั้งหมด = ต้นทุนค่าแรง + ต้นทุนค่าวัสดุ + ต้นทุนค่าลงทุน