ศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์สาธารณสุขและการประเมินผล ได้เริ่มก่อตั้งและพัฒนาขึ้น จากอาจารย์และเครือข่ายวิจัย
ในภาควิชาบริหารสาธารณสุข คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดลตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 เพื่อพัฒนานักวิจัยรุ่นใหม่ในด้านเศรษฐศาสตร์สาธารณสุข และการเงินการคลังด้านสุขภาพ โดยเริ่มต้นจากการรับศิษย์เก่าและหรือนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาที่กำลังศึกษาอยู่ในคณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ให้ทำหน้าที่เป็น“ผู้ช่วยนักวิจัย”
ในโครงการวิจัยต่างๆ และให้การบริการซึ่งประกอบด้วยการประสานงานโครงการวิจัย และโครงการฝึกอบรม เพื่อพัฒนาบุคลากรทางการแพทย์และสาธารณสุข ร่วมกับหน่วยงานต่างๆ เช่น กระทรวงสาธารณสุข สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ กระทรวงการต่างประเทศ กระทรวงศึกษาธิการและสำนักอนามัย สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร อีกทั้งยังมีเครือข่ายความร่วมมือในด้านต่างๆ กับหน่วยงานวิชาการในระดับนานาชาติเช่น WHO, UNDP, UNFPA, UNAIDS, World Bank และ INSP- instituto Nacional de Salud Pública Cuernavaca (INSP), México (ประเทศสหรัฐเม็กซิโก) ในฐานะ ASAP Training Consortium(“AIDS Strategy and Action Plan” -ASAP)เป็นต้น
ที่ผ่านมาศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์สาธารณสุขและการประเมินผลได้พัฒนาผู้ช่วยนักวิจัยและนักวิจัยให้มีความรู้ความสามารถ และมีคุณธรรมจริยธรรมในการวิจัยโดยส่งเสริมให้เกิดเรียนรู้ด้วยตนเองและสามารถบริหารจัดการโครงการ และการพัฒนาจัดทำฐานข้อมูลเพื่องานวิจัยรวมทั้งสามารถจัดทำเอกสารเผยแพร่คู่มือปฏิบัติงานงานวิจัยด้านการกำกับติดติดตามประเมินผลบริการสุขภาพและสาธารณสุข ทั้งภายในและภายนอกคณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล รวมทั้งประสานงาน ระหว่างนักวิจัยโครงการต่างๆ เพื่อส่งเสริมการนำผลงานวิจัยไปใช้ ประโยชน์อย่างเหมาะสม